Задолго до основания обители ладожские острова населяли финно-угорские племена. Люди поклонялись богам Перуну и Велесу, строили капища для совершения различных обрядов. Остров Коневец не стал исключением. Местные жители считали остров великолепным пастбищем для лошадей, а в благодарность благим духам приносили в жертву коней. Все языческие ритуалы местные жители проводили на большом валуне, который весит 750 тонн. Форма валуна слегка напоминает лошадиную голову, поэтому валун называли «конь-камень». Этот валун впоследствии и дал название острову.
Главная святыня монастыря – Коневская икона Божьей Матери. Икона необычная. С одной стороны изображена Божья Матерь с младенцем, а с другой стороны – Нерукотворный образ спасителя. Короткое пребывание рядом с образом зажигает молитвенный огонь и приносит большую духовную радость в сердца верующих людей. В настоящее время святыня находится на территории Финляндии, в Ново-Валаамском монастыре. Она попала туда после Октябрьской революции, когда остров Коневец оказался в составе независимой Финляндии, а в период войны с Финляндией, в 1939 году, монахи покинули монастырь острова. Тогда они и забрали местную святыню.
После Великой Отечественной войны часть Монастырей России была разрушена, а на острове размещалась военно-морская база. Почти полвека Коневец оставался запретной зоной, на нем проводились испытания. За этот период времени монастырь подвергся сильному разрушению. В начале девяностых монастырские сооружения государство передало епархии Санкт-Петербурга. По сравнению с временами расцвета число живущих в монастыре отшельников невелико, на сегодняшний день их всего двадцать пять человек, в обители каждый день совершаются богослужения, а вокруг царит дух братской любви.