Xiaomi Mi 9 SE был анонсирован в начале 2019 года и стал первым смартфоном, который был создан на базе однокристальной системы Qualcomm Snapdragon 712. Его презентовали вместе с Xiaomi Mi 9 и Mi 9 Transparent Edition. Он изначально функционировал под руководством MIUI 10 на базе Android 9.0 Pie. Затем смартфон был обновлён до MIUI 11, а позже - до Android 11 и MIUI 12.
С оболочкой MIUI 12.5 устройство использует на 35% меньше системной памяти и на 25% меньше энергопотребления. Кроме этого, с прошивкой появляются новые суперобои, звуки системных обновлений, улучшается работа системы вибрации и многое другое.
У Xiaomi Mi 9 SE есть много общего с Xiaomi Mi 9. Например такое же покрытие задней панели, 48-мегапиксельный датчик изображения Sony IMX586, 20-мегапиксельная селфи-камера с бьютифакторами, подэкранный сканер отпечатков пальцев пятого поколения, дисплей Samsung AMOLED с таким же разрешением, многофункциональный NFC и инфракрасный пульт дистанционного управления.